实验室长期致力于开拓国内外学术交流，积极开展国际和国内合作，对提升中国科学院水生生物研究所的整体科研实力、扩大国内外影响力起到重要作用。实验室已与美国、英国、日本、法国、俄罗斯、德国、丹麦、澳大利亚等十几个国家和地区的知名大学和科研机构建立合作关系，开展合作研究。知识创新工程以来，实验室每年有30余人次出国访问、讲学，或进修和从事合作研究，接待80人次以上的境内外学者来实验室讲学或从事合作研究。实验室坚持“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，积极营造良好的开放研究氛围。为充分发挥国家重点实验室的作用，每年设立开放课题专项经费，鼓励实验室固定研究人员在前瞻领域和研究方向上与国内同行共同攻关。

实验室今后还要进一步加大开放力度，更广泛地开展经常性的学术交流与合作。多方位、多渠道争取机会与国外同行共同申请和承担重大研究项目（如欧盟项目），加强与国际同行的实质性交流与合作。积极邀请各国诺贝尔奖获得者和科学院院士等世界著名科学家来实验室讲学和访问,聘请相关专家为名誉教授和学术顾问,开阔实验室科技人员的眼界,促进了科研工作不断向高层次发展。积极组织举办高层次的专题研讨会和大型国际学术会议。此外，要重视寻求与大型高科技生物企业的合作，积极推进科技成果转移转化。