淡水生态与生物技术国家重点实验室依托中国科学院水生生物研究所，按照《国家重点实验室建设与运行管理办法》（国科发基[2008]539号），实行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，在实验室学术委员会指导下开展科学研究。实验室主任和学术委员会主任由依托单位推荐，主管部门聘任，报科技部批准。学术委员会由国内外著名的淡水生态与生物技术相关领域的专家组成，其成员由依托单位聘任，每届任期5年；其中本重点实验室和依托单位的学术委员不超过总人数的三分之一。实验室学术委员会是实验室的学术指导、评议和审查机构，负责审订实验室的研究方向和研究计划；审评开放基金课题申请书，参与评议或鉴定实验室研究成果等学术活动；听取实验室主任的工作报告。学术委员会每年至少召开一次会议。
实验室日常运行由实验室主任、副主任负责，根据学术委员会制定的研究方向，制定实验室的总体规划、组织研究团队、提出和执行财政预算，组织实验室的科学研究、学术活动和行政管理，实施对外合作与交流。实验室秘书负责处理实验室日常事务，材料统计及各类报表等。
