经过近30多年的建设和发展，实验室已具备了良好的从事淡水生态学和生物技术研究的仪器设备，拥有仪器设备93台（套），包括：自动激光片层扫描显微系统、小动物活体microCT影像系统、单细胞蛋白质表达定量分析系统、基质辅助激光解吸电离飞行时间串联质谱仪、电感耦合等离子体质谱仪、GeXP多重基因表达遗传分析系统、声学多普勒流速剖面仪、蛋白测序仪、激光共聚焦显微镜、全自动微生物基因指纹鉴定系统、贴壁细胞显微操作系统、流式细胞仪、多功能酶标仪/微孔板检测仪、浮游植物分析仪、生物分子相互作用分析仪、生化样品定量扫描系统等。实验室仪器设备实现了互联网预约共享使用，是“中国科学院大型仪器网络共享平台”的组成部分。实验室所拥有的主要大型仪器设备包括：基质辅助激光解吸电离飞行时间串联质谱仪、低温荧光发射光谱仪、显微调制荧光成像系统、宏观变倍显微镜和超低温CCD系统、Biolane全自动原位杂交仪、蛋白印迹成像和定量分析系统、转盘式白光共聚焦显微镜、体视显微镜、连续流动分析仪、电感耦合等离子体质谱ICP-MS等。