随着科学研究的发展，以及国家对科学研究投入的增加，大型精密仪器的数量不断增加，科研工作对高水平分析测试的依赖性也越来越强。为进一步加强大型仪器设备资源共享平台建设，促进国家重点实验室对外开放，促进仪器设备的高效利用，促进科学研究水平的不断提高，根据《中国科学院技术支撑系统建设实施方案》（科发计字[2009]22号）文件精神，实验室大型仪器设备的管理全部纳入了依托单位水生生物研究所的“分析测试中心”共享平台的管理和开放服务。
实验室将利用国家各部委以及中国科学院对实验室的投入并充分利用各方面的资源，不断发展和完善实验室的仪器设备建设，不断促进仪器设备资源的开放与共享，全面促进科学研究水平的不断提升。 | 仪器设备名称 | 型号 |
| 色/质谱/毛细管电泳联用仪 | 三联机1100 |
| 自动激光片层扫描显微系统 | Zeiss Lightsheet Z.1 |
| 基质辅助激光解吸电离飞行时间串联质谱仪 | UltrafleXtreme T/T |
| 小动物活体microCT影像系统 | Skyscan 1276 |
| 水生态系统活力分析仪 | IHB |
| 单细胞自动获取工作站 | MMI Cellcut+CellEctor |
| 中型原位灭菌发酵罐 | ez-control 140L |
| 核酸质谱分析系统 | MassARRAY |
| 高通量单细胞成像分析系统 | MoFlo-XDP |
| 高通量微生物克隆筛选系统 | QPIX420 |
| 全自动微生物基因指纹鉴定系统 | SPOT XPLORER XS |
| 全自动原位杂交仪 | 3730xl |
| 超级变焦实体共聚焦显微镜 | TCSLS |
| 单细胞蛋白质表达定量分析系统 | Milo |
| 声学多普勒流速剖面 | TRDI |
| 长时间动态活细胞成像分系统 | IncuCyte S3 |
| 浮游植物分析仪 | Phyto-PAM |
| 全自动微生物鉴定及表型析系统 | Qx200 |
| 液滴式大片段文库构建系统 | GCG-SR-1 |
| 6联小型发酵罐系统 | Applikon minibio 500mL |
| 活体可见光成像系统 | Lumina XRMS III |
| 贴壁细胞显微操作系统 | DMI6000B |
| 倒置活细胞工作站 | DMi8 |
| 生化样品定量扫描系统 | Amershan Typhoon RGB |
| GeXP多重基因表达遗传分系统 | GeXP |
| 离子通道阅读器 | FlexStation3 |
| 微流成像颗粒分析系统 | CytoFlex |
| 生物分子相互作用分析仪 | Z1 |
| 自动化染色体核型分析系统 | Metafer |
| 多功能酶标仪/微孔板检测仪 | EnVision |
| 电感耦合等离子体质谱仪 | PE NexION300X |
| 多功能藻类培养与在线监测系统 | 120L/ET-PSI |
| 表面等离子共振仪 | BI-2500 |
| 水下远距可操控调查系统 | MiniRover型 |
| 多模式读数仪 | Synergy Neo2 |
| 白光转盘共聚焦荧光显微镜 | 莱卡 DMI 3000B |
| 研究级倒置荧光显微镜 | Microscope stand Axio Observer 3 |
| 研究级正置荧光显微镜 | Axio Imager A2 |
| 多光谱显微成像系统 | N-MSI-FX BX53 |
| 离子色谱仪 | 940 |
| 流式细胞仪 | FACSVerse |
| 野外便携式X光成像仪 | Vivo-Vision |
| 分离纯化系统（制备级） | Discover 100 |
| 过氧化氢蒸汽发生器 | Z2 |
| 水下植被回声探测仪 | DT-X EXTREME |
| 连续流动水质分析仪 | San++ |
| 正置研究级荧光显微成像系统(含热台) | Axio Imager 2 |
| 制备型低温超速离心机 | Optima XPN-100 |
| 全自动移液与核酸纯化工作站 | epMotion5070 |
| 连续流动分析仪 | Skalar San++ |
| 电感耦合等离子体发射光谱仪 | Biological Duoflow |
| 声学多普勒流速剖面 | OPTIMA8000DV |
| 高压反应器 | BR-1000 |
| 超高速智能粒度分析仪 | S3500 |
| 快速溶剂萃取仪 | ASE350 |
| 低温荧光发射光谱仪 | PTI QM-4 |
| 全自动密度梯度制备与分离系统 | 153 |
| 原位灭菌发酵罐 | BIOTECH |
| 全自动原位杂交仪 | INTAVIS BiolaneHTI 1V |
| 显微调制荧光成像系统 | Walz Imaging-PAM |
| 高速摄像系统 | Phantom VEO410 |
| 双色红外激光成像系统 | CHEMIDOC MP |
| 加速溶剂萃取仪 | Dionex ASE350 |
| 全自动预浓缩凝胶净化定联用仪 | CWGPC ULTRA |
| 短程分子蒸馏仪 | KDL5 |
