为更好地贯彻重点实验室“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，使淡水生态与生物技术国家重点实验室成为高水平科学研究和学术交流的基地，使实验室的实验设施和科研条件得到更充分的利用，不断提升实验室的学术水平，本实验室设立开放课题，为与本实验室研究方向相关的研究提供研究基金，资助国内外科技工作者依托本实验室开展研究工作。

开放课题面向国内外相关研究领域的大学、研究所、企业等单位的研究人员。实验室每年对外公布开放研究课题申请指南1次，组织实验室学术委员会对项目进行函评，按照“公平竞争、择优支持”的原则进行资助。

开放课题申请者经所在单位同意，并与本重点实验室研究人员一起，联合填写《淡水生态与生物技术国家重点实验室开放课题申请书》，一式五份。开放课题的经费使用，按照科技部和财政部的《国家重点实验室专项经费管理办法》，同时遵守依托单位的财务管理办法，实行预算管理，预算执行期间一般为项目批准的当年，专款专用。

开放课题的研究期限一般为1-2年，研究完成后，项目负责人应填写项目结题报告，三个月内向实验室报送《开放基金资助项目总结报告》，以及学术论文复印件及相关学术资料。经开放课题资助所产生的研究论文和其他成果，应标注“淡水生态与生物技术国家重点实验室”资助（中文），或“funded by the State Key Laboratory of Freshwater Ecology and Biotechnology（英文）。